La tercera Asamblea Nacional Indígena, reunida en la ciudad de México del 9 al 11 de octubre, denunció los constantes y persistentes atropellos que vienen siendo objeto los pueblos indígenas, los cuales sufren los efectos de la militarización y la represión. La Asamblea Indígena, reunida por mandato del Congreso Nacional Indígena surgido en octubre de 1996 como espacio de articulación de más de 90 pueblos indígenas del país, exigió el más profundo respeto de los derechos indígenas, la desmilitarización de las comunidades y el cese de los hostigamientos. Así mismo se pronunció por el cumplimiento de los acuerdos de San Andrés sobre Derechos y Cultura Indígena y su expresión en la propuesta de reforma constitucional elaborada en diciembre de 1996 por la Comisión de Concordia y Pacificación, CONCOPA. Los acuerdos de San Andrés fueron firmados en febrero de 1996 entre la insurgencia zapatista y el gobierno federal, mediante los cuales el Estado se comprometió a respetar el libre ejercicio de la determinación de los pueblos indígenas, así como sus identidades, culturas y formas de organización social. Se resolvió fortalecer el ejercicio de la autonomía en comunidades y pueblos, y el trabajo en las diferentes regiones del país "privilegiando que surja más la palabra de nuestras comunidades y garantizando que a ellas regresen tanto las informaciones como los acuerdos que sean asumidos en los momentos de encuentro, asambleas o sesiones del Congreso y de su Comisión de Seguimiento". La Asamblea Indígena, asimismo, confirmó que la Comisión de Seguimiento del Congreso Nacional Indígena es "una instancia fundamentalmente de enlace entre nuestros pueblos, organizaciones y comunidades, y que sus funciones son las de ejecutar y dar seguimiento a los acuerdos; elaborar diagnósticos, análisis y alternativas de solución; elaborar propuestas y programas de trabajo y favorecer el enlace y la comunicación entre los grupos de trabajo". El evento acordó fortalecer y enriquecer "con mayor participación de nuestros pueblos y organizaciones los grupos de trabajo de tierra y territorio, justicia y derechos humanos, legislación, seguimiento y verificación de los Acuerdos de San Andrés, mujeres, comunicación y enlace, cultura, autodesarrollo, jóvenes y migrantes". La Comisión de Seguimiento asumirá las tareas de finanzas, relaciones internacionales, orientación política y será portavoz del funcionamiento del Congreso. Así mismo la Asamblea, denunció los intentos de la oficialista Confederación Nacional de Campesinos de "confundir a la población y querer robarse nuestra palabra al convocar a un supuesto congreso nacional indígena para los próximos meses". Por último, la Asamblea lamentó las muertes y desgracias que han sufrido los indígenas de los estados de Guerrero y Oaxaca causados por el paso del huracán Paulina, que afectó mucho más a la población empobrecida, y decidió organizar la ayuda material para los damnificados.